Intégrer le secteur de la recherche appliquée au développement nécessite de poursuivre sur une thèse de doctorat (bac+8) après l'ISTOM. Les employeurs sont des centres de recherche internationaux comme le CIRAD, l'IRD, l'INRA, le CNRS, des laboratoires privés... Les métiers sont : Directeur d'unité de recherche, Responsable de programme, Chercheur en agronomie ou élevage, Responsable valorisation de la recherche.
Des diplômés s'engagent également dans le secteur de l'enseignement et formation, dans le secteur public ou privé, les établissements de formation professionnelle (lycées agricoles par exemple). On retrouve ainsi les Istomiens à des postes de Directeur d'établissement, de Responsable de formation ou d'enseignant-formateur.
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